1972年入伍。1975年开始军旅美术创作。1978年考入浙江美术学院中国画系。1982年起担任福建人民出版社连环画编辑；1986年起任福建美术出版社社长、总编辑。2002年起回到母校中国美术学院参加影视动画学科筹建工作，现为中国美术学院传媒动画学院副院长、教授、硕士生导师。中国数字娱乐与仿真技术专业委员会副主任，中国动画学会常务理事，国家扶持动漫产业发展部际联席会议专家委员会委员。
林超早年从事军旅美术创作期间就为军内外报刊创作了大量的插画、连环画， 1978年负责福建工农兵画报的插图和美编工作。1982年从浙江美术学院中国画系毕业后，担任福建人民出版社美术编辑室连环画编辑，后任福建人民出版社社长和总编辑。
1998年林超移居美国。担任美国芝加哥哥伦比亚大学亚洲艺术与传媒基金顾问。
2001年，承担筹建中国美术学院动画学科工作。为此林超先后走访哥伦比亚大学影视系、伊尼洛伊工业与技术学院建筑系、芝加哥艺术学院等著名院校，学习其办学经验；回国举办《数字影像在中国》国际研讨会，同时，主持创办中国美术学院数字影像动画设计研究中心，筹备成立影视动画专业。
2002年，林超一纸柬言提出《发展动漫产业、打造动漫之都》的设想，被杭州市政府采纳；随后林超赴京协助杭州市政府申请主办首届中国国际动漫节，后出任中国首届国际动漫节论坛部副部长。
同年，林超出任中国美术学院传媒动画学院副院长，并积极申请使中国美术学院被国家广电总局首批授予国家动画教学研究基地。
2003年起，林超投入动画电影《嫦娥奔月》及动画系列片《小红军长征记》的创作与研究。《小红军长征记》的创作冲破了传统创作中动画专家负责到底的单调局面，通过动画实现美术、传媒和历史学的跨学科合作，该部动画片被浙江省立项为省精品文化工程。《小红军长征记》在中央电视台及浙江电视台播出后取得极大反响并获广泛好评，该片于2006年获得中国文化遗产动漫大赛三等奖。
2007年4月，国家文化部、教育部、科技部、财政部、信息产业部、商务部、税务总局、工商总局、广电总局、新闻出版总署等10部委联合组成扶持动漫产业发展部际联席会议，林超作为浙江省唯一专家受聘成为专家委员会委员。