荣誉教授，动物学专业硕士研究生导师，兼职博士研究生导师，蝇类研究学术带头人，英国皇家学会会员，国家有突出贡献的中青年专家，辽宁省优秀专家，国务院政府特殊津贴获得者，辽宁省和沈阳市优秀教师，沈阳市劳动模范，辽宁省先进科技工作者，辽宁省动物学会理事长，辽宁省学位委员会委员，辽宁省生物系统进化与农业生态重点实验室学术委员会主任，《中国昆虫科学》编委，《医学动物防制》主任编委。
薛万琦教授发现了世界蝇类新属7个，新种 370个，中国新记录种107个；在国外SCI期刊源期刊《Mem. Inst. Oswaldo Cruz》，《Oriental Insect》，《Pan-Pacific Entomologist》，《Bull. Natu. Sci. Mus.》，国内Entomologia Sinica，《昆虫学报》，《动物分类学报》等核心期刊发表学术论文217篇，主编《中国蝇类》和参编专著11部