邓志东1991年9月获哈工大博士学位，1992年－1994年在清华大学计算机系从事博士后研究。1994年8月留清华大学任教，当年被聘为副教授。1996年－1997年在香港理工大学合作研究一年。2001年－2003年，作为客座教授，在美国华盛顿大学计算机系从事计算生物学和无线传感器网络的研究。现为清华大学计算机系教授，博士生导师。