朱荫贵 籍贯河北景县，出生于贵州贵阳市。 1982年北京大学历史系毕业，获学士学位。1993年获中国社会科学院研究生院经济学博士学位。1990年作为我国首批与日本联合培养的博士生赴日本东京大学东洋文化研究所学习一年。1995至1997年再赴日本东京大学进行两年博士后研究。
从1982开始，历任中国社会科学院经济研究所实习研究员、助研、副研，1997年升任研究员。1998年兼任中国社会科学院研究生院教授、博士生导师。1997年起任中国社会科学院经济学科片正高级专业技术职务评审委员会委员。2000年任经济所中国经济史研究室主任。2003年3月被聘为天津南开大学经济研究所兼职教授。2003年9月被复旦大学历史系引进。现为上海复旦大学历史系教授、博士生导师，教授中国经济史。2005年6至8月被日本东京大学聘为客座教授。