王金发教授多年致力于教学方法改革，注重教学内容的调整与更新，并编写特色教材。研制开发了细胞生物学网络课程，制作了细胞生物学试题库、97、98、99、00四届学生科学专题报告会专辑VCD等。近年来主持了"优化教学内容，改革教学方法，更新教学手段，培养创新人才"等七项教学改革研究项目，发表教学改革论文十余篇。"采取开放式教学，培养创新能力"研究项目获得第四届广东省教学成果一等奖和国家级二等奖。