孙惠平博士主要的研究领域是：电子商务安全与网络安全、PKI与PMI、信任管理与信誉系统、及其新型开放式网络中协作激励机制，在上述领域中于国内期刊与国际会议上发表论文近十篇，并参与完成和正在承担与这些领域有关的多项国家科研项目与企业合作项目。