孔祥复教授在创立国际上第一个重组人干扰素的工业化生产流程方面作出了关键性的贡献。１９８６年他出任美国国家癌症研究所生化生理实验室主任，成为美国国家卫生研究所中学术地位最高的华人科学家之一，在国际学术界具有很高的声誉和威望。1998年任香港大学分子生物学研究所所长, 1999年当选为中国科学院院士, 现为香港中文大学防疫研究中心病毒学讲座教授，香港中文大学华南肿瘤学国家重点实验室主任。孔祥复院士主要从事功能基因组学、应用基因组学研究和人类基因治疗研究，其研究成果奠定了我国功能基因组学和应用基因组学研究的基础，先后在国际著名科研杂志发表文章 300余篇，获得专利19项。